Το νησί, στο βορειοανατολικό Αιγαίο, από νωρίς, προσέλκυσε το ενδιαφέρον αρχαιολόγων και ερευνητών, λόγω της ιστορικής και αρχαιολογικής σημασίας του Ιερού των Μεγάλων Θεών. Το Μουσείο, που σχεδιάστηκε από τον Αμερικανό St. Shaw, στο πλαίσιο των αρχαιολογικών ερευνών των μελών της Αμερικανικής Σχολής Κλασικών Σπουδών, στην Ελλάδα, εγκαινιάστηκε το 1955 από τον Γεώργιο Ράλλη, και ήταν το πρώτο αρχαιολογικό μουσείο στη Θράκη. Μετά από σχεδόν εξήντα χρόνια αδιάλειπτης λειτουργίας, το 2013, η αποκατάσταση και η επέκταση του κτηρίου εντάχθηκε από το Υπουργείο Πολιτισμού στο Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης του ΕΣΠΑ 2007-2013, ενώ η επανέκθεση του χρηματοδοτήθηκε από το ίδιο πρόγραμμα στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ 2014-2020.
Επανέκθεση Αρχαιολογικό Μουσείο Σαμοθράκης
Ο Κυριακός Αγκωνίτης επισκέπτεται το Ιερό των Μεγάλων Θεών, τον Οκτώβριο του 1444 διασώζοντας στο οδοιπορικό του πολύτιμες μαρτυρίες. Από το 1863, που ο Γάλλος υποπρόξενος ανακάλυψε το περίφημο άγαλμα της Νίκης, το οποίο μετέφερε στο Παρίσι, γαλλο-τσεχοσλοβακικές δραστηριοποιήθηκαν στη Σαμοθράκη αρχαιολογικές αποστολές και ακολούθως αμερικανικές επιστημονικές ομάδες -από το Ινστιτούτο Καλών Τεχνών της Νέας Υόρκης. Το ελληνικό κράτος ανέλαβε, από τα μέσα της δεκαετίας του 1950, την προστασία, και τη συντήρηση των μνημείων και των αρχαιολογικών χώρων του νησιού.
«Είναι ιδιαίτερη χαρά για μένα», ανέφερε στον χαιρετισμό της η Λίνα Μενδώνη, «καθώς σήμερα αποδίδουμε στο νησί, στους κατοίκους και τους επισκέπτες του, το πλήρως αποκατεστημένο και αναβαθμισμένο Αρχαιολογικό του Μουσείο. Το Μουσείο της Σαμοθράκης είναι το 21ο Μουσείο που το Υπουργείο Πολιτισμού αποδίδει στους πολίτες και τους επισκέπτες της πατρίδας μας, από το 2019, που ο Κυριάκος Μητσοτάκης ανέλαβε τη διακυβέρνηση της χώρας. Από το 2019, μέχρι σήμερα στην Περιφερειακή Ενότητα του Έβρου, το Υπουργείο Πολιτισμού σε συνεργασία με την Περιφέρεια με τους πόρους του ΕΣΠΑ και με πόρους του Ταμείου Ανάκαμψης, υλοποίησε και υλοποιεί έργα συνολικού προϋπολογισμού περίπου 40.000.000 ευρώ. Από αυτά, μελέτες και έργα περίπου 6.500.000 ευρώ, υλοποιούνται στη Σαμοθράκη, στον αρχαιολογικό χώρο των Μεγάλων Θεών, στο Κάστρο, στον Πύργο του Φονιά. Τα έργα εκτελούνται από τις Κεντρικές και τις Περιφερειακές Διευθύνσεις του Υπουργείου Πολιτισμού, χάρη στην συνολική προσπάθεια πολύτιμων στελεχών του, αλλά και χάρη στην πολιτική βούληση της κυβέρνησης που εξασφαλίζει τις πιστώσεις, δημιουργώντας τις αναγκαίες προϋποθέσεις για να υλοποιούνται τα έργα. Επομένως, σήμερα όλοι χαιρόμαστε γιατί έχουμε ένα χειροπιαστό αποτέλεσμα: Ένα νέο Μουσείο. Χαίρομαι ιδιαίτερα κι εγώ γιατί, το 2011, ήρθαμε και σχεδιάσαμε μια σειρά έργων, τα οποία ήδη έχουν τελειώσει ή ολοκληρώνονται. Είναι η μεγάλη παρέμβαση στο Κάστρο, η αποκατάσταση της Μονής του Χριστού, οι εργασίες στο Ιερό των Μεγάλων Θεών και, σήμερα, το νέο Αρχαιολογικό Μουσείο, με την υποδειγματική συνεργασία ανάμεσα στις δύο Περιφερειακές Υπηρεσίες του Υπουργείου Πολιτισμού, τις Εφορείες Αρχαιοτήτων Ροδόπης και Έβρου».
Η Λίνα Μενδώνη αναφέρθηκε στα νέα έργα, τα οποία έχει σχεδιάσει το ΥΠΠΟ για τη Σαμοθράκη: Την ολοκλήρωση των μελετών και την υλοποίηση του έργου για την περαιτέρω θωράκιση του αρχαιολογικού χώρου του Ιερού των Μεγάλων Θεών από τα έντονα πλημμυρικά φαινόμενα της κλιματικής αλλαγής, που πλήττουν την περιοχή, επιπλέον των αντιπλημμυρικών έργων που αφορούν στην Περιφέρεια και στα αρμόδια Υπουργεία, καθώς και τις μελέτες για την αποκατάσταση του παρακείμενου, στο Μουσείο, κτηρίου του παλαιού Ξενία, ώστε να μετατραπεί σε πωλητήριο και αναψυκτήριο του Οργανισμού Ανάπτυξης και Διαχείρισης Πολιτιστικών Πόρων.
Κλείνοντας την ομιλία της, η Υπουργός τόνισε την ανάγκη αξιοποίησης των υποδομών που δημιουργεί το κράτος από την τοπική κοινωνία. «Η αξιοποίηση αυτών των υποδομών είναι θέμα της Περιφέρειας, του Δήμου, της τοπικής κοινωνίας», επεσήμανε. «Εσείς πρέπει να προβάλετε τις πολιτιστικές υποδομές, να τις αναδείξετε, για να έρθει προστιθέμενη αξία στον τόπο, ο οποίος διαθέτει μοναδικά συγκριτικά πλεονεκτήματα. Να σκοπεύσετε σε έναν υψηλού επιπέδου τουρισμού, που θα προσφέρει στο νησί και θα συμβάλλει στην ανάπτυξή του. Έναν ποιοτικό τουρισμό, που δεν θα καταναλώνει μόνον φυσικούς πόρους. Έναν τουρισμό με ανταποδοτικά οφέλη στη νησιωτική σας κοινωνία. Και αυτό είναι πολύ πιο σημαντικό, έχει πολύ μεγαλύτερη σημασία για τα μικρά νησιά μας από ό,τι στον χερσαίο χώρο της πατρίδας μας».
Νωρίτερα, η Υπουργός συνεργάστηκε στο Δημαρχείο με τον Δήμαρχο Σαμοθράκης Αθανάσιο Βίτσα και τους συνεργάτες του, παρουσία του Αντιπεριφερειάρχη Έβρου Ευάγγελου Πουλιλιού, του Βουλευτή Έβρου Αναστασίου Δημοσχάκη, καθώς και υπηρεσιακών παραγόντων του ΥΠΠΟ. Η Λίνα Μενδώνη πραγματοποίησε αυτοψία στον μεσαιωνικό Πύργο του Φονιά, αμυντικό έργο του 15ου αι., στο ανατολικό άκρο της βόρειας παραλίας της Σαμοθράκης. , στις ανατολικές εκβολές, του ποταμού Φονιά. Η στερέωση, η αποκατάσταση του Πύργου και η διαμόρφωση του περιβάλλοντος χώρου του, είναι έργο σε εξέλιξη, με προϋπολογισμό 1.500.000 ευρώ, από πόρους του Ταμείου Ανάκαμψης.