Στον σταθμό της Αγίας Σοφίας βρίσκεται σε εξέλιξη το έργο επανατοποθέτησης των αρχαιοτήτων, που αποσπάστηκαν το 2017, για την κατασκευή του σταθμού. Συγκεκριμένα, έχουν επανατοποθετηθεί από την Αττικό Μετρό και την Εφορεία Αρχαιοτήτων Πόλης Θεσσαλονίκης τμήμα της πλακόστρωτης πλατείας του 6ου μ.Χ. αιώνα, τμήμα του στυλοβάτη και ένας κίονας, ενώ ακολουθούν η τοποθέτηση ενός ακόμη κίονα, η ολοκλήρωση της διευθέτησης του χώρου και ο εμπλουτισμός με πληροφοριακό υλικό. Οι μελέτες για την επανατοποθέτηση των αρχαιοτήτων εκπονήθηκαν το 2021.
Στο εργοτάξιο του σταθμού Αγίας Σοφίας, ήδη είναι εμφανής η αλλαγή στην εικόνα του χώρου, έπειτα από την επανατοποθέτηση των αρχαιοτήτων, οι οποίες προσθέτουν πολλά στοιχεία για την ιστορία της Θεσσαλονίκης κατά τους παλαιοχριστιανικούς χρόνους. Ηδη η πρώτη, κατά σειρά, επανατοποθέτηση των αρχαιοτήτων δηλώνει τη βούληση να αποδοθούν τα αρχαιολογικά ευρήματα στην πόλη. Παράλληλα, έχει δρομολογηθεί η μελέτη ανάδειξης των μεσοβυζαντινών αρχαιοτήτων, που διατηρούνται βόρεια της εισόδου του σταθμού.
Παρόντες στην αυτοψία ήταν ο Γενικός Γραμματέας Πολιτισμού Γιώργος Διδασκάλου, η προϊσταμένη της Εφορείας Αρχαιοτήτων Θεσσαλονίκης Μπετίνα Τσιγαρίδα, ο Πρόεδρος και ο Διευθύνων Σύμβουλος της Αττικό Μετρό Νίκος Ταχιάος και Νίκος Κουρέτας.