Η αξιολόγηση- πιστοποίηση του Εβραϊκού Μουσείου έγινε με βάση τα κριτήρια που έχει θέσει το ΥΠΠΟΑ και αφορά στην επάρκεια των μουσείων σε προσφερόμενες υπηρεσίες στους επισκέπτες, σε προσωπικό, σε κτηριακές υποδομές και, φυσικά, στη διαχείριση των συλλογών τους. Η διαδικασία της αναγνώρισης αφορά σε όλα τα Μουσεία με τουλάχιστον τριετή λειτουργία, από την ίδρυση τους. Τα Μουσεία προσέρχονται εθελοντικά για να αξιολογηθούν με βάση τις καλύτερες και τις πλέον σύγχρονες πρακτικές στο χώρο της μουσειολογίας. Η διαδικασία δεν έχει χαρακτήρα αδειοδότησης, αλλά βελτίωσης μέσω της αξιολόγησης.
Πρόκειται για το δεύτερο μη κρατικό μουσείο, έπειτα από το Δημοτικό Μουσείο Καλαβρυτινού Ολοκαυτώματος, το οποίο λαμβάνει το Σήμα Αναγνώρισης από το Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού.
Το Εβραϊκό Μουσείο ολοκλήρωσε με επιτυχία τον κύκλο της διαδικασίας Αναγνώρισης με την υποβολή των απαιτούμενων φακέλων. Αναγνωρίζεται, επίσημα, ότι έχει οργανωθεί και λειτουργεί σύμφωνα με τα επαγγελματικά και επιστημονικά πρότυπα που το ΥΠΠΟΑ έχει θεσπίσει, δηλ. σύμφωνα με τις προδιαγραφές του άρθρου 45 του Ν. 3028/2002, δυνάμει του οποίου εξεδόθη το 2011 η υπουργική απόφαση «Περί ίδρυσης και αναγνώρισης μουσείου». Το 2011 άρχισε η διαδικασία για τα μη κρατικά μουσεία.
Η Υπουργός Πολιτισμού και Αθλητισμού κ. Λίνα Μενδώνη δήλωσε: «Ογδόντα ένα χρόνια μετά, από τον Ιανουάριο 1942 που οι Ναζί συζήτησαν την “Τελική λύση του Εβραϊκού Ζητήματος”, το Εβραϊκό Μουσείο στην Αθήνα αποτελεί έναν ιστορικό χώρο μνήμης, όχι μόνον για τους Έλληνες Εβραίους μάρτυρες και ήρωες του Ολοκαυτώματος, αλλά για τους πολίτες όλου του κόσμου που πρέπει να διαφυλάττουν στην ιστορική τους μνήμη φρικτά λάθη που αμαύρωσαν την ανθρώπινη Ιστορία. Το Εβραϊκό Μουσείο είναι το δεύτερο μη Δημόσιο Μουσείο που προσέρχεται στην διαδικασία αξιολόγησης. Ακολουθούν και άλλα. Παράλληλα, το Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού μέσα στο ευρύτερο μεταρρυθμιστικό πλαίσιο της Κυβέρνησης δρομολόγησε τους τελευταίους μήνες και την διαδικασία πιστοποίησης- αξιολόγησης και των Δημοσίων Μουσείων. Και οι δύο διαδικασίες θα κινηθούν παράλληλα».
Η αναγνώριση του Εβραϊκού Μουσείου, που έρχεται μετά την αναγνώριση του Μουσείου Καλαβρυτινού Ολοκαυτώματος, είναι η χειροπιαστή απόδειξη ότι έχει ανοίξει ο κύκλος αναβάθμισης των μουσείων της χώρας, ιδιωτικών και δημοσίων. Όταν ολοκληρωθεί, θα έχουμε ένα διαφορετικό μουσειακό τοπίο στην Ελλάδα. Από το 2014 υπάρχει η πρόβλεψη η διαδικασία της πιστοποίησης των Μουσείων, να είναι επιλέξιμη δαπάνη στο ΕΣΠΑ. Τώρα αξιοποιούμε και αυτή την παράμετρο, εντάσσοντας την διαδικασία στο τρέχον ΕΣΠΑ.
«Αυτό που έχω ζητήσει από τις αρμόδιες Υπηρεσίες», δήλωσε η Υπουργός Πολιτισμού και Αθλητισμού, «είναι να προχωρήσουν κατά προτεραιότητα οι διαδικασίες αναγνώρισης- πιστοποίησης. Μας ενδιαφέρει η αξιολόγηση, μας ενδιαφέρει η πιστοποίηση. Τα κίνητρα και τα ανταποδοτικά οφέλη των μουσείων που αναγνωρίζονται είναι σημαντικά: Το “αναγνωρισμένο” μουσείο διαθέτει αυξημένες πιθανότητες να ενταχθεί σε προγράμματα χρηματοδότησης και να αντιμετωπιστεί με ευελιξία σε ζητήματα κινητικότητας συλλογών και συνεργασιών με άλλες χώρες. Παράλληλα, ανήκει σε ομάδα μουσείων που φέρει ειδικό σήμα αναγνώρισης και απολαμβάνει ειδικά προνόμια».
Η ιδέα για τη δημιουργία Εβραϊκού Μουσείου Ελλάδας γεννήθηκε στα τέλη της δεκαετίας του 1970. Το 1977 ιδρύθηκε ένα μικρό μουσείο που στεγάστηκε σε ένα χώρο δίπλα στη Συναγωγή, της οδού Μελιδώνη. Εκεί συγκεντρώθηκαν τα αντικείμενα που αποτέλεσαν τον πυρήνα της σημερινής συλλογής του. Ο συνεχής εμπλουτισμός της και η διεύρυνση των δραστηριοτήτων του μουσείου επέβαλαν την αναζήτηση νέου χώρου στέγασής του. Από το 1997 το μουσείο λειτουργεί στην ιδιόκτητη στέγη του -στην οδό Νίκης 39- μετά την αποφασιστικής σημασίας οικονομική συμπαράσταση του Υπουργείου Πολιτισμού και του “Συλλόγου των Φίλων του Εβραϊκού Μουσείου”.
Οι συλλογές του προήλθαν από την Ισραηλιτική Κοινότητα Αθηνών και από το σύνολο των αντικειμένων (έγγραφα και κοσμήματα) που επιστράφηκαν από τη βουλγαρική κυβέρνηση στους Εβραίους της Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης και εμπλουτίζονται με δωρεές και αγορές. Τα αντικείμενα του αφορούν όλες τις εκφάνσεις του ανθρώπινου βίου του εβραϊκού στοιχείου της Ελλάδας.
Το μουσείο απέκτησε νομική υπόσταση το 1989, και λειτουργεί ως ΝΠΙΔ-Κοινωφελές Ίδρυμα, που διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο.